Esta es la genética que introdujo el nuevo coronavirus en México

México también contribuyó con su análisis del genoma completo del SARS-CoV-2 a la plataforma digital internacional Gisaid para compartir su análisis con la comunidad científica internacional. Esto es lo que descubrieron sobre las formas genéticas más frecuentes del nuevo coronavirus en el país.

Hasta el 17 de enero de 2020, cuando aún no se había importado el virus de Europa a México, el Instituto de Epidemiología (Indre) ya había desarrollado una prueba de PCR – reacción en cadena de la polimerasa – gracias a información difundida por científicos. antes de que el mes del primer caso se registre en el Ciudad de Wuhanen la provincia de Hubei.

El 12 de enero de 2020, los científicos chinos que se ocuparon de la enfermedad por primera vez la identificaron como causada por un nuevo coronavirus y compartieron públicamente su secuencia genómica en la plataforma mencionada. El neumólogo chino Zhong Nánshan, de 83 años, identificó el método de infección y también lo publicó.

“Nos estamos preparando para obtener la secuencia genética del virus apenas llegue al país su primera cepa”, explicó el Dr. Ernesto Ramírez, director del Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológico de la Dirección General de Epidemiología Federal de México.

Esto sucedió el 27 de febrero de 2020 en la Ciudad de México, con un hombre que estuvo en Bérgamo, Italia, durante dos semanas, entre el 10 y el 12 de febrero de este año. Ramírez explicó que la muestra llegó a Indre a las 21:30 horas de ese día y antes de la medianoche ya se había confirmado la introducción del virus al país, en este primer caso.

Metagenómica

La cepa del primer caso importado a México confirmó su relación con los presentes en la región visitada por el paciente. El 1 de marzo, México subió la secuencia genómica de la cepa viral en su caso a la plataforma Gisaid.

“Como los científicos chinos, tenemos la obligación de compartir esta secuencia genómica en Gisaid”, explica Ramírez.

El especialista dijo que, para identificar la cepa, se buscan asociaciones a través de árboles filogenéticos.

“Se hace un primer análisis para confirmar de dónde vino esta secuencia genética de la primera cepa, con quién se veía”, explica. Esto confirmó su importación europea.

Para identificar el flujo de importaciones del nuevo coronavirus a México, científicos nacionales realizaron un análisis exhaustivo de los casos presentados durante los primeros quince días de ocurrencia de la pandemia en el país -entre el 27 de febrero y el 15 de marzo- período en el que recolectaron muestras de carga viral suficiente para obtener lecturas de una secuencia genómica completa en cada caso.

Durante los primeros 15 días de la pandemia en México se establecieron 33 muestras de diferentes pacientes 17 secuencia del genoma de cada cepa.

Se incluyeron pacientes con y sin antecedentes de viajes al extranjero, pero con evidencia confirmatoria de infección por el nuevo coronavirus.

«Fue suficiente identificar que México tenía dos rutas para importar el nuevo coronavirus: por Europa y Estados Unidos», informó el médico mexicano.

De las 17 cepas introducidas en el país que se identificaron en la primera quincena de marzo de 2020, 15 de estas personas se dirigieron primero al Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México y de allí a otros puntos de la ciudad. República.

Estrategias de vigilancia genómica

El director explicó que a partir de ese primer experimento para identificar una serie de cepas en los primeros días, cuando la pandemia aún no había alcanzado la dispersión en la comunidad, se planificó una estrategia de seguimiento genómico y vigilancia de la presentación del nuevo coronavirus en México.

El país se incorporó a la Red de Vigilancia Genómica del virus COVID-19 en las Américas, con el objetivo de monitorear qué tipo de SARS-CoV-2 está circulando en cada país de la región, su interacción, cepas y cepas.

Este proyecto se lleva a cabo en conjunto con la Organización Mundial de la Salud y cubre el seguimiento de todo tipo de virus activos, en particular, todos coronavirus SARS-CoV-2. Esta clasificación se realiza mediante dos sistemas: clados y linajes.

• Hay seis clados de SARS-CoV-2 circulando en el mundo y una serie de cepas más compleja y numerosa que «es más compleja porque la clasificación tiene que ver con los cambios en sus nucleótidos de lo que implica el manejo de muchas letras por su nomenclatura».
• En México, de las 17 secuencias genómicas reconocidas desde los primeros quince días de la pandemia, se identificaron cinco clados en 32 estados del país, de un total de seis ya reconocidos en el mundo.
• El clado con mayor presencia en México es el G, predominante en Europa, seguido de los clados GR y GH. La presencia de los clados S y L, predominantes en Asia, solo se registró en México durante marzo de 2020.
• Se han identificado 17 cepas de virus y se comparten con la mayoría en el resto de América Latina: B.1; B.1.1; B.1.5 y B.1.5.11

“Desde la primera secuencia que pudimos compartir y obtener de estos genomas, identificamos que el primer caso en México corresponde al clado GR, de la cepa B.1”, dijo el científico.

Aunque hasta ahora no se ha reconocido a nivel mundial que existe una correlación entre la genómica del virus y la severidad de la enfermedad que desarrolla el paciente, México analiza el vínculo entre comorbilidades – enfermedades crónicas no transmisibles que tuvieron un impacto especial en cómo se desarrolló la pandemia. a nivel local – y la secuencia genómica de los casos registrados.

“El proyecto de comorbilidad funciona en 70 secuencias genómicas ya montado en el que estamos analizando la gravedad de la enfermedad. Aunque no se ha reportado ningún marcador molecular asociado a la gravedad a nivel internacional, próximamente presentaremos las conclusiones de México al respecto ”, concluyó.